X-RAY 엔진

1편인 스토커 SOC 에서는 X-Ray 엔진의 불안정성 때문에 완전히 중력을 무시하는 버그와 스토커와 건물의 융합을 관찰할 수 있었다. 여기에 백스텝을 밟는 개, 스크립트 문제로 인해 어기적어기적 거리던 좀비화 스토커들이 갑자기 수류탄을 보자 다리가 갑자기 나았다는듯이 뛰어 피하는 상태다. 이때부터 진기한 버그들의 세상이었다. 그 중에서 역시 최고봉은 최후반부 체르노빌 원전에서 벌어지는 스노크의 허공답보.[4] 그외에는 영어판의 성우들이 조금 부실하다, 그리고 예전 영상보다 요소가 많이 없어져서 실망이다 등 여러 의견도 많았다.[5]

2편인 스토커 CS 에서는 우스운 버그뿐만 아니라[6] 시스템 버그도 판을 친다. 팩션 워 시스템은 스토커들이 싸우기 싫어하고 업그레이드하면 무게가 늘어나는 신비의 시스템으로도 욕먹고(부품을 교체하면 무게가 증가할 수도 있으니 당연하겠지만) 엄폐물이 없는데도 엄폐를 해서 아스트랄 자세로 사격하는 그 모습이란... 그리고 분명 발이 닿을정도의 물 높이 수심인데 뛰지를못한다. 또 난이도도 너무 높여서[7] 1편에 비해 보편적인 게임 플레이가 불가능할 정도로 어려운 부분이 많아졌다.

3편인 스토커 COP 에서는 버그가 잘 눈에 띄지 않아 평점을 많이 깎아 먹지는 않았다. 그렇지만 시체가 끼어서 완전히 네크로모프가 되어버리는 버그가 있다. 그리고 1, 2편과 같은 세력전쟁, 퀘스트 같은 다양한 요소를 삭제했다면서 본작을 싫어하는 사람들도 있다. 그리고 호러 요소도 조금 사라진데다가 소규모 전투로 바뀌었다. 스토커 시리즈의 장점이 분위기인데 분위기가 갑자기 메트로 2033처럼 매우 암울했던 1편 때보다 못하다는 의견이다. 특히 영어권 성우의 괴이한 연기로 다른 의미로 분위기가 안 산다는 의견도 있다.[8]

여러 공식 패치와 사실상 필수 패치인 모드들을 통해 게임플레이 자체를 불가능하게 만드는 치명적인 버그는 거의 없으며, 자유로운 세이브를 지원하기 때문에 큰 문제는 되지 않는다. 그리고 전작들처럼 혹시나 퀘스트가 정상적으로 진행되지 않는 오류가 있진 않을까 염려할 필요가 없어졌다. 2010년 현재, 1편인 섀도우 오브 체르노빌, 2편 클리어 스카이, 3편인 콜 오브 프리피야트 모두 버그를 교정하는 최신패치들이 나와 있어 위와 같은 버그들은 더 이상 찾아보기 힘들게 되었다. 버그 외의 문제로는 저질 타격감과 효과음, 불친절한 인터페이스[9] 등이 있다.

스토커 어노말리 모드를 기반으로 하는 각종 다양한 모드팩들은 모두 해당 버전의 엔진을 사용하고 있다.

스토커 2 제작에 사용될 예정이였지만 여러 사정으로 인해 게임 엔진이 언리얼 5로 교체되어 사용되지 못했다. 당시 개발진들의 언급에 의하면 동시대 최고의 그래픽으로 알려진 킬존 3와 크라이시스 2를 능가하는 엔진이라고 한다. 지금은 개발취소된 스토커 2 (2011)[10]의 유출버전으로 체험해 볼 수 있다.